Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982

Предсказание вторичной структуры по аминокислотной последовательности
Оценка предсказательных методов
Произвольность выбора параметров

Вводя достаточное число параметров можно получить прекрасное соответствие с любым базовым набором. Попытки улучшить предсказания должны всегда опираться на оценку точности метода. Имея, это в виду, многие авторы опробовали свой метод на базовом наборе белков с известной структурой. Однако такая процедура имеет весьма ограниченную ценность. Совершенно очевидно, что чем больше внутренней информации (правил и параметров) включает метод, тем лучше будет соответствие с базовым набором, однако это вовсе еще не определяет предсказательную ценность метода для белков с неизвестной структурой.

Чтобы как-то решить эту проблему, некоторые авторы вначале исключают некий белок из базового набора и проводят параметризацию с сокращенным базовым набором. Затем найденные параметры используются для предсказания вторичной структуры выделенного белка. Таким образом, абсолютные величины подбираемых параметров как будто становятся независимыми (склонности, данные в табл. 6.1 и 6.2). Однако правила использования параметров, которые и составляют сущность каждого метода, по-прежнему основываются на всех известных белках, включая и предсказываемый.

Некоторые методы не определены достаточно четко. Помимо трудностей, связанных с независимой проверкой предсказательности метода, в некоторых случаях оказывается, что метод просто невоспроизводим [381, 382]. Этими причинами и объясняется большой скептицизм в отношении методов предсказаний вторичной структуры. Нужно отметить однако, что хорошая воспроизводимость и соответствие с базовым набором еще не адекватны успешным предсказаниям неизвестных структур белков. Это происходит главным образом потому, что авторы не определяют свой метод с достаточной четкостью, оставляя тем самым возможность большого произвола в его применении. Критическое отношение к предсказательным методам до известной степени поколебалось после сравнительного опробования на аденилаткиназе [383] и Т4-лизоциме [384].