Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982

Модели, изображение и документация белковых структур
Данные о строении белка
Полные структуры

Полная структура представляется в виде таблицы с обозначениями атомов и их координат. Полная структура объединяет данные о ковалентном и пространственном строениях. Ковалентная структура определяет обозначения данного атома, а геометрическая — его координаты. Атомы водорода с их единственным электроном проявляются обычно на карте электронной плотности настолько слабо, что их можно идентифицировать лишь в очень редких случаях. Однако положения атомов водорода определяются в достаточно хорошем приближении по координатам неводородных атомов, к которым они присоединены.

* Следует различать номинальное и эффективное разрешения. Номинальное разрешение означает предел разрешения структурных факторов в синтезе Фурье, тогда как эффективное разрешение относится к результирующей карте электронной плотности. Эффективное разрешение всегда ниже номинального. Различие может быть заметным, если точность фаз структурных факторов низка или если набор структурных факторов неполон. К сожалению, оценки эффективного разрешения не существует. В литературе обычно приводится номинальное разрешение

Полную структуру обычно записывают в виде таблицы, включающей все атомные координаты. В этой таблице каждый атом описывается своим внутренним обозначением в пределах данного остатка, а также названием остатка и его порядковым номером (например, O_ε2 Glu-131). В некоторых случаях указывается также подвижность атомов в кристалле белка. Все эти сведения собраны в банке данных о белках [390], откуда они предоставляются по запросам в виде записей на магнитной ленте. Чтобы использовать эти данные, обычно нужно составить собственную программу для ЭВМ.