БИОХИМИЯ - Л. Страйер - 1984

ТОМ 1

ЧАСТЬ I. КОНФОРМАЦИЯ И ДИНАМИКА

ГЛАВА 7. МЕХАНИЗМ ДЕЙСТВИЯ ФЕРМЕНТОВ: ЛИЗОЦИМ И КАРБОКСИПЕПТИДАЗА

ВОПРОСЫ И ЗАДАЧИ

1. Предскажите относительную скорость гидролиза лизоцимом следующих олигосахаридов (буквой G обозначен остаток N-ацетилглюкозамина, буквой М-остаток N-анетилмурамовой кислоты) :

а) М-М-М-М-М-М

б) G-М-G-М-G-М

в) М-G-М-G-М-G

2. На основании данных, приведенных на рис. 7.18, предскажите, какие из участков связывания углеводов на лизоциме (от А до F) окажутся занятыми при образовании фермент-субстратного комплекса со следующими олигосахаридами (сокращения те же, что и в задаче 1):

а) G-G

б) G-М

в) G-G-G-G

3. Предположим, что при синтезе гекса-NAG гликозидный кислород между остатками сахаров D и Е мечен изотопом ¹⁸О. Где окажется этот изотоп после гидролиза гекса-NAGлизоцимом?

4. Аналог тетра-NAG, содержащий —Н вместо —СН₂ОН при С-5 в остатке D значительно сильнее связывается с лизоцимом, чем тетра-NAG. Объясните, какие особенности структуры лежат в основе этой разницы в сродстве связывания.

5. Сопоставьте координационные связи атома цинка в карбоксипептидазе А и атома железа в оксимиоглобине и оксигемоглобине.

а) Какие атомы непосредственно связаны с этими металлами?

б) Каким боковым цепям принадлежат связанные с металлом труппы?

в) Какие другие боковые цепи в белках способны связываться с металлом?

6. Экспериментальные данные в пользу прямого гидролиза (рис. 7.29) пептидов карбоксипептидазой А были получены в опытах по изотопному обмену с ¹⁸O. N-бензоилглицин, меченный ¹⁸О по карбоксильной группе, инкубировали с карбоксипептидазой А. В присутствии L-фенилаланина ¹⁸О включался в Н₂O. Этого не наблюдалось, если вместо фенилаланина в инкубационную смесь добавляли L- β-фенилмолочную кислоту. Предложите наиболее простую интерпретацию этого эффекта.