Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание функции белка по свойствам его поверхности
Предсказание функций по свойствам поверхности
Сочетание свойств поверхности для предсказания функций

Помимо электростатики и гидрофобности влиять на функцию белка могут и другие свойства его поверхности. Например, в программе HotPatch для предсказания функции белка на базе рассмотрения его поверхности использован ряд других ее свойств (Pettit et al. 2007). В данном случае функция белка может быть установлена путем сравнения его с базами данных белков со схожими функциями. Одиннадцать характеристик (включая четыре различные электростатические характеристики, три меры вогнутости и шероховатости и четыре меры гидрофобности и гидрофильности) используются для описания пятнадцати различных иерархически классифицированных свойств поверхности белка. Они определяют функции, включающие общую функцию (каждый функциональный участок поверхности имеет свойство), которая разбивается на функцию связывания (включая белок-белковые, олигомерные, ДНК-РНК, углеводные интерфейсы, а также интерфейсы небольших молекул), ферментативную функцию (включая протеазы, гидролазы, трансферазы, оксидоредуктазы и киназы) и функции связывания малых ионов (анионов и катионов). При этом определяется соотношение между свойствами каждой из функциональных групп, и, основываясь на их сходстве, могут быть установлены функциональные участки исследуемого белка. Участки, которые не соответствуют ни одной из категорий, могут быть определены как имеющие неизвестную функцию.