Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Пространственные мотивы
Предыстория и значение
Структурные мотивы: определение и область действия

Структурные мотивы представляют собой наборы точек пространства, основанные на расположении некоторых остатков (обычно их не больше десятка), которые связаны с некоторой функцией белка или интересующей классификацией. Иногда их называют шаблонами активного центра, поскольку остатки могут участвовать в образовании кармана для каталитического центра или сайта связывания, или структурными шаблонами. При подборе мотивов используется информация о расположении одного или нескольких атомов на остаток, и эти точки маркируются дополнительной информацией, такой как тип атома и остатка. Структурные мотивы локальны и дискретны, остатки соседствуют в пространстве, но не обязательно находятся рядом в аминокислотной последовательности, и расположением остатков в последовательности при подборе чаще всего пренебрегают. Мотивы не описывают конформацию пептидной цепи или доменов целиком.