Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Пространственные мотивы
Аналогичные методы
Гибридные описания “точка-поверхность”

Гибридные описания “точка-поверхность” и одноточечные описания локальной структуры не могут быть, строго говоря, отнесены к методам структурных мотивов, но имеют с ними много общего. Методы, основанные на описании поверхности, рассмотрены в Главе 7.

Программы Cavbase (Schmitt et al. 2002; Kuhn et al. 2006) и SiteEngine (Shulman-Peleg et al. 2004) описывают сайты связывания, как наборы псевдоатомов и связанных с ними лоскутов поверхности. Псевдоатомы соответствуют различным экспонированным на поверхности функциональным группам, таким как доноры или акцепторы водородных связей. Сравнение включает в себя поиск геометрически и физико-химически совместимых наборов псевдоатомов, пространственное совмещение структур на основе этих псевдоатомов и последующую оценку, основанную на перекрытии лоскутов и физико-химическом сходстве. Число точек поверхности обычно сильно превосходит число псевдоатомов, поэтому оценка является относительно ресурсоемкой. Два упомянутых метода отличаются некоторыми деталями описания псевдоатомов, выполнения оценки и того, как производится поиск совпадений: Cavbase осуществляет поиск клик, в то время как SiteEngine использует геометрическое хэширование. Cavbase и связанная с ним база данных сайтов доступна как часть коммерческого программного пакета Relibase+ по лицензии Кембриджского кристаллографического центра обработки данных. Веб-сервер SiteEngine (Shulman-Peleg et al. 2005) (Таблица 8.3) выполняет попарные сравнения, но не поиск по базе данных. Для некоммерческого использования может быть загружен исполняемый файл для ОС Linux (Таблица 8.3).