Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Распознавание фолда
Введение
К вопросу о терминологии: “протягивание” и “распознавание фолда”

Существует некоторая путаница в отношении терминов “протягивание” и “распознавание фолда”. Некоторые считают их взаимозаменяемыми, тогда как другие полагают, что “протягивание” - метод, в котором, помимо информации о последовательностях, используется структурная информация. В настоящей главе будет использоваться третий подход! Термин “распознавание фолда” будет использоваться в качестве общего термина для обозначения любого метода, с помощью которого можно установить отдаленные или тонкие связи между последовательностью и известной структурой. Термин “протягивание” (описанный в следующем разделе) используется просто для обозначения методов, в которых предпринимается попытка явно моделировать парные взаимодействия между аминокислотами в пространственной структуре. Сюда не относятся гораздо более простые алгоритмы, в которых используется комбинация одномерных строк, содержащих данные о предсказанных структурных свойствах, и информации о последовательности (эти методы описаны в разделе 3.2).