Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание структуры мембранных белков
Предсказание топологии трансмембранных белков
Полногеномный анализ

В ходе реализации крупномасштабных проектов по изучению геномов и протеомов часто обнаруживаются новые белки, клеточная локализация и функции многих из которых оказывается неизвестной. С помощью некоторых описанных выше методов можно довольно точно предсказать ТМ топологию белков. Однако арсенал методов, с помощью которых можно отличить ТМ белки от глобулярных, невелик. Для проведения подобной дифференцировки необходимо наличие специально настроенного метода и автономного программного пакета, поскольку методы предсказания, основанные на интернет-технологиях, непригодны для обработки больших объемов данных. Некоторые методы, пригодные для полногеномного анализа ТМ альфа-спиралей и бета-бочонков, приведены в таблицах 4.3 и 4.4. В целом, число ошибок существенно снижается благодаря использованию предварительного фильтрования. Из-за того, что многие глобулярные белки имеют в своем составе сигнальные последовательности, в ходе анализа их часто ошибочно относят к трансмембранным белкам. Предварительное фильтрование предполагает использование таких методов, как SignalP и TargetP, и позволяет убрать из рассмотрения сигнальные и транзитные пептиды. В настоящее время для лучших методов предсказания степень ошибки составляет менее 1% в случае а-спиральных ТМ белков (Jones 2007) и менее 6% в случае ТМ белков, имеющих структуру ß-бочонков (Park et al. 2005). На рис. 4.6 приведены результаты применения метода дифференцировки а-спиральных ТМ белков к группе протеомов.