Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание структуры мембранных белков
Перспективы развития методов предсказания структуры мембранных белков

Несмотря на успешный опыт применения ROSETTA и FILM, в будущем предстоит устранить множество ограничений, которыми эти методы обладают. В настоящее время главным ограничением являются сложности при работе с большими трансмембранными структурами. Комбинаторная природа методов ab initio делает их громоздкими с вычислительной точки зрения вычислений и непригодными для изучения структур, размер которых превышает 150 аминокислот. Существует несколько способов преодолеть это ограничение. Самый простой из них, пригодный для применения в FILM, состоит в создании меньших по объему библиотек фрагментов супервторичной структуры, в которых содержатся только структуры мембранных белков. В этом случае поиск фрагментов осуществляется среди конформаций, которые являются составными частями больших трансмембранных структур. Дальнейшего улучшения методов можно достичь, заменив простые суперспиральные мотивы структурными фрагментами большего размера. Усовершенствование ROSETTA, которое позволит применять метод для прогнозирования структуры доменов большого размера, предполагает развитие методов отбора конформаций и поиск способов более точного учета электростатических взаимодействий.