Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Методы биоинформатики для изучения структуры и функций неупорядоченных белков
Свойства последовательностей БПН
Необычный аминокислотный состав БПН

В основе современных методов прогнозирования неупорядоченности лежат различные принципы. Тем не менее, БНП присущи некоторые общие свойства - аминокислотный состав и аминокислотная последовательность, которая отличает их от упорядоченных белков.

Уверский (Uversky et al. 2000) и Дункер (Dunker et al. 2001) впервые отметили, что частоты встречаемости различных аминокислот в неупорядоченных белках заметно отличаются от аналогичных показателей в упорядоченных белках. Отличия не зависят от методов, которые используются для установления структурного принадлежности белка к определенной группе, поскольку белки всегда бедны аминокислотами с низким показателем гибкости (гидрофобные аминокислоты) и богаты аминокислотами с высоким показателем гибкости (полярные и заряженные аминокислоты). Первую группу (Тrр, Cys, Phe, Ile, Туг, Val и Leu) называют аминокислотами, способствующими упорядоченности, тогда как последнюю (Ala, Arg, Gly, Gin, Ser, Pro, Glu и Lys) - аминокислотами, способствующими неупорядоченности (Dunker et al. 2001). Аналогичные тенденции были обнаружены в других исследованиях (Uversky et al. 2000; Tompa 2002). В настоящее время принято считать, что два главных свойства, предопределяющих неупорядоченность, - низкий общий уровень гидрофобности, при котором невозможно формирование стабильного ядра глобулы, и высокий общий заряд, который способствует расширенному структурному состоянию за счет электростатического отталкивания.