Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Методы биоинформатики для изучения структуры и функций неупорядоченных белков
Предсказание неупорядоченности
Сравнение методов предсказания неупорядоченности

Как уже упоминалось ранее, методы предсказания отличаются по уровню производительности и качеству предсказаний, что было подтверждено в экспериментах по критической оценке алгоритмов прогнозирования структуры (CASP, от “critical assessment of structure prediction algorithms experiments”) CASP6 (Jin and Dunbrack 2005) и CASP7 (Bordoli et al. 2007). Разумеется, производительность методов предсказания неупорядоченности зависит от критериев оценки и используемых наборов данных. По сути, существуют два фактора, ограничивающие прямое сравнение методов: 1) сравнение нельзя проводить на основе простых значений неупорядоченности, выраженных в процентах, поскольку количество положительных попаданий можно легко увеличить за счет ложноположительных результатов, т.е., прогнозирования неупорядоченности для упорядоченных областей; 2) количество доступных данных об упорядоченных и неупорядоченных структурах заметно отличается, что осложняет простое сравнение точности прогнозов. В соответствии с этим, производительность методов предсказания сравнивают различными способами, главным образом, определяя чувствительность и специфичность, т.е., коэффициент верно определенной неупорядоченности относительно коэффициента неверно определенных упорядоченных областей. Справедливости ради стоит отметить, что упомянутые выше методы предсказания по уровню производительности близки к лучшим алгоритмам предсказания вторичной структуры. Для получения надежной оценки неупорядоченности рекомендуется использовать несколько методов, основанных на различных принципах.