Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Методы биоинформатики для изучения структуры и функций неупорядоченных белков
Ограничения методов предсказания функций БПН
Консервативность и неупорядоченность

В качестве последнего замечания следует отметить, что неупорядоченность не является строгой противоположностью консервативности последовательностей, поскольку некоторые неупорядоченные области эволюционно консервативны (Chen et al. 2006а, b). Всестороннее исследование семейств доменов, проведенное Дункером и его коллегами, показало, что многие участки исследованных белков, содержащие не менее 20 аминокислотных остатков, характеризуются значительной консервативностью. Такие области получили название консервативных прогнозов неупорядоченности (CDP, от “conserved disorder predictions”) и были обнаружены почти в 30% семейств доменов. Большинство CDP короткие, лишь 9% из них содержат более 30 остатков; обычно они покрывают менее 15% соответствующего домена. Самый длинный CDP, однако, содержит 171 аминокислотный остаток (в белке дентинового матрикса). Возможно, еще более важным является тот факт, что 8,7% CDP покрывают более половины соответствующих им доменов, а 16 CDP покрывают домен целиком. Функции доменов, содержащих CDP, соответствуют общим функциональным особенностям БПН, таким как связывание ДНК/РНК, образование структуры рибосом, связывание белков (как сигнальные функции/регуляция, так и образование комплексов). Несмотря на то, что приведенные данные до сих пор не используются при предсказании функций, они могут лечь в основу важных приложений в будущем.