Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982
Ковалентная структура белков
Ансамбли цепей
Влияние окружения
Как было показано в предыдущем разделе, основной единицей является домен. Ассоциации таких доменов имеют второстепенное значение. В последующем изложении рассматривается, каким образом окружение, в котором находится белок, влияет на характер объединения доменов.
Олигомеры в отличие от мономеров могут диссоциировать. Белки обычно подразделяют на мономеры и олигомеры. Согласно определению Клотца и сотр. [81], белок представляет собой «мономер», если он состоит только из одной полипептидной цепи или если он построен из нескольких цепей, связанных ковалентно (например, дисульфидными мостиками). По этой номенклатуре такие белки, как инсулин, а-химотрипсин и иммуноглобулины, представляющие собой образования из валентно-связанных цепей, должны быть отнесены к мономерам. Отличительная особенность «олигомерных» белков состоит в том, что они построены из так называемых субъединиц, т. е. из связанных невалентными силами более мелких образований (рис. 4.1 и 5.18). Как указывалось выше, мономеры могут состоять из нескольких функциональных доменов или из еще большего числа структурных доменов. Это относится и к субъединицам олигомеров, хотя субъединица часто эквивалентна функциональному домену.
Рис. 4.2. Белки, состоящие из Ig-доменов.
а — субъединица пероксиддисмутазы (детальная структура) [800]. Свертывание цепи показано в виде стереоизображения Са-остова (разд. 7.2); отмечены N- и С-концы обеих цепей. Субъединица включает lg-домен и медьсодержащий каталитический центр с Zn-ноном вблизи него, б—антиген тканевой совместимости (human leukocyte antigen = белок HL-A). Молекула симметрична; каждая половина состоит из тяжелой цепи Н и легкой цепи L. Легкая цепь, которая представляет один домен Ig, называется также β2-микроглобулнном. Обе тяжелые цепи соединены дисульфндным мостиком, который, по-видимому, находится в присоединяющейся к мембране части молекулы, в — иммуноглобулин G. Молекула симметрична; каждая половина состоит из тяжелой цепи Н и легкой цепи L. Каждая из цепей связана с по меньшей мере одной другой цепью одним или большим числом дисульфидных мостиков. Использованы стандартные обозначения индивидуальных доменов вдоль L-цепи и вдоль Н-цепи.
Каждый большой круг на б и в означает один домен Ig. Углеводные части белков не показаны.