Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982

Предсказание вторичной структуры по аминокислотной последовательности
Замечания общего характера
Качество предсказания и локальные взаимодействия

При разном содержании а- и ß-структур в белках трудно сопоставлять качество предсказаний. Обычно считают, что спирали предсказываются значительно лучше, чем ß-структуры. Такое положение объясняется в основном тем, что в спиралях взаимодействие остатков через водородные связи имеет в отличие от структур локальный характер. Соответственно показатели качества для спиралей должны быть выше. Однако из табл. 6.5 не следует какого-либо заметного различия в величинах Q₇. Такое несоответствие между интуитивными соображениями и величинами Q₇легко устранить, если учесть, что в белках ß-структур меньше, чем спиралей, что приводит к большему отрицательному правильному предсказанию для ß-структур (табл. 6.3). Хотя отрицательное правильное предсказание несколько занижается в значении Q₇, оно значительно увеличивает значение Q_7β по сравнению с Q_7a. Таким образом, несмотря на меньшее положительное правильное предсказание для ß-структур, что и создает впечатление более низкого качества предсказания, значения Q_7β и Q_7a сопоставимы.

Реверсивные повороты не определяются локальными взаимодействиями. В табл. 6.5 наиболее неудовлетворительными выглядят предсказания поворотов. Это объяснимо в том случае, если считать, что повороты цепи, несмотря на их геометрически локальную природу, определяются нелокальными взаимодействиями. При таком допущении повороты следует рассматривать как точку наименьшего сопротивления при свертывании цепи, т. е. точку вынужденного изгиба цепи. Энергетические соображения приводят к тому же заключению, так как поворот содержит только одну водородную связь. Кроме того, повороты обычно находятся на поверхности, поэтому их водородная связь подвергается действию воды, которое понижает ее вклад в свободную энергию.