Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982

Предсказание вторичной структуры по аминокислотной последовательности
Замечания общего характера
Успех предсказания и центры свертывания

Центры инициации свертывания цепи можно обнаружить по наиболее удачным предсказаниям. Было высказано предположение [383], что наилучшим образом предсказанные вторичные структуры имеют наивысшую вероятность оказаться первоначальными нуклеациями процесса свертывания, поскольку хорошее предсказание свидетельствует о преобладании локальных взаимодействий, которые, по-видимому, и направляют механизм укладки цепи. Такой центр свертывания, состоящий из спирали, был обнаружен в аденилаткиназе [383]; он соответствует малому домену на рис. 5.14, б.

Эта идея подтверждается и тем фактом, что при предсказаниях аденилаткиназы и Т4-лизоцима в обоих случаях N-концевая половина цепи была предсказана лучше, чем С-концевая [383, 384]. Действительно N-концевая часть синтезируется на рибосоме первой и, по-видимому, первой свертывается. На это обратили внимание Аргос и сотр. [381], которые с помощью коэффициента корреляции Q, показали, что усредненные предсказания значительно лучше для N-концевой половины белка.