Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982

Предсказание вторичной структуры по аминокислотной последовательности
Замечания общего характера
Предсказание как аналитический метод

Современные методы, по-видимому, позволяют предсказывать структурный класс белка. Достигнутая в настоящее время точность предсказаний позволяет отнести белок к одному из пяти классов, приведенных в табл. 5.2. Характер вторичной структуры в этих классах настолько различен, что даже при правильности предсказания 68% (Q^общ₃ в табл. 6.5) их можно отличить друг от друга.

Предсказания помогают распознавать новые члены в группе родственных белков. Помимо установления структурного класса можно попытаться выявить цепи с определенной, уже известной топологией. Применив в глютаматдегидрогеназе метод Чоу и Фасмана [340], Бутон [386] выявил два домена, характер вторичной структуры которых аналогичен структуре нуклеотидсвязывающего домена других, уже исследованных дегидрогеназ [254]. После установления общей структуры фрагмента он обнаружил, что аминокислотная последовательность гомологична последовательности одной из этих дегидрогеназ (глицеральдегид-3-фосфат-дегидрогеназе). Это обстоятельство свидетельствует о большой «значимости подобия» (разд. 9.6) и позволяет выявить эволюционную взаимосвязь [387], отраженную в существовании нуклеотидсвязывающего домена с той же топологией цепи. Для второго из рассматриваемых доменов гомологии последовательности обнаружить не удалось, хотя но характеру вторичные структуры соответствовали друг другу. В этом случае «значимость» была слишком низка для выявления топологического подобия.

Аналогичным путем было проведено исследование Са²⁺-связывающих белков Аргосом [388], который показал, что предсказания могут способствовать определению аминокислотной последовательности, особенно в сомнительных случаях. Кроме того, с помощью предсказаний он попытался определить положение Са²⁺-связывающих центров в ацилпереносящем белке синтетазы жирных кислот E.coli, а также в белках кровесвертывающего каскада.