Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание функции белка по свойствам его поверхности
Способы представления поверхности
Поверхность ван-дер-Ваальса

Несмотря на то, что поверхность Ван-дер-Ваальса редко используется для описания поверхности сама по себе, важно упомянуть о ней, поскольку она является основой для последующих определений. Атомы в молекуле представляются перекрывающимися сферами, где радиус каждой сферы равняется ван-дер-ваальсовому радиусу соответствующего атома. Ван- дер-ваальсова поверхность молекулы, таким образом, представляет собой внешнюю поверхность атомов этой молекулы. Такое представление поверхности приводит к появлению кажущихся пустот внутри белковой структуры и поэтому редко используется при рассмотрении поверхности белка (Рис. 7.1), однако оно служит основой для распространенного графического представления пространственного строения молекул, называемого моделью СРК (по имени впервые предложивших её Кори, Полинга и Колтуна, англ. Corey-Pauling-Koltun) или объемной моделью.

Nicholas J. Burgoyne and Richard M. Jackson

Institute of Molecular and Cellular Biology, Faculty of Biological Science, University of Leeds, Leeds, LS2 9JT, UK

*e-mai1: [email protected]