Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание функции белка по свойствам его поверхности
Способы представления поверхности
Молекулярная поверхность (поверхность без растворителя)

Более практичное представление поверхности - это так называемая молекулярная поверхность, известная также как поверхность Коннолли (Connolly, 1984). Эта поверхность образована точками контакта молекулы растворителя (обычно воды), которая моделируется сферой радиуса 1.4 Å, катящейся по поверхности Ван-дер-Ваальса. Молекулярная поверхность аналогична ван-дер-ваальсовой поверхности в том, что области, недоступные растворителю, скрыты вогнутыми поверхностями (рис 7.1). Как следствие, молекулярная поверхность представляет собой непрерывную функциональную поверхность молекулы, т.е. поверхность, доступную для взаимодействия.

Рис. 7.1 Варианты представления поверхности: ван-дер-ваальсова поверхность; молекулярная поверхность; поверхность, доступная растворителю (ПДР)