Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание функции белка по свойствам его поверхности
Способы представления поверхности
Поверхность, доступная растворителю

В структурной биологии в качестве поверхности молекул наиболее широко используется поверхность, доступная растворителю (ПДР, англ. Solvent accessible surface, SAS) (Lee & Richards, 1971). Как и молекулярная поверхность, она представляет собой поверхность контакта белка с окружающим растворителем, но, в отличие от прежде рассмотренного варианта, она образована центром молекулы растворителя, катящейся по ван-дер-ваальсовой поверхности. Таким образом, способ построения ПДР какого- либо атома обеспечивает пропорциональность между площадью этой поверхности и числом молекул растворителя, которые одновременно могут контактировать с этим атомом. Этот признак является ключевым при установлении типа поверхности по ее свойствам. По определению, вогнутая область молекулярной поверхности может быть отнесена не одному, а к нескольких атомам, в то время как участок, доступный растворителю, связан только с одним атомом белка (рис. 7.1). Это различие является существенным при определении свойств области поверхности, например, при является ли она полярной или неполярной. Таким образом, для определения свойств отдельных атомов, образующих поверхность белка, использование поверхности, доступной растворителю, более предпочтительно по сравнению с использованием молекулярной поверхности, и поэтому именно ПДР широко используют при описании биологических и физических свойств поверхности белка. Эти свойства будут рассмотрены в последующих разделах.