Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание функции белков на основе их теоретических моделей
Что дальше?

Несмотря на пользу методов моделирования белков, преимущества предлагаемого ими взгляда на функцию белков доступны не всем биологам. Простой доступ к надежным моделям, обеспечиваемый различными базами данных, является первым шагом к установлению диалога между моделистами и биологами-экспериментаторами. Взаимодействие двух сообществ не только взаимовыгодно само по себе, но также необходимо для эффективного развития обеих дисциплин. Структурные модели могут значительно облегчить планирование и интерпретацию реальных экспериментов, поскольку они ограничивают число проверяемых гипотез, а иногда вносят и очень точные предложения к намечаемым экспериментам. Таким образом, мы предполагаем, что пропагандируемые усилия по идентификации все еще неизвестных белков, которые имеют известную ферментативную активность (Roberts 2004), должны быть интегрированы с усилиями по моделированию, которые позволят закрыть брешь между функциями, выполняемыми неизвестными белками, и белковыми последовательностями, функция которых должна быть предсказана.

С другой стороны, следует помнить, что существующие каталоги функций ограничены экспериментально обнаруженными проявлениями. Другими словами, предсказание функции обычно подразумевает поиск подходящей функции среди уже известных, а предположения о возможных, но еще не описанных функциях, делаются редко. Иначе говоря, нет методов предсказания функции de novo. Таким образом, хотя развитие таких новых вычислительных подходов должно воодушевлять, существующие методы, основанные на известных закономерностях, нуждаются в экспериментальной поддержке для идентификации новых реакций и процессов, которые затем могут быть добавлены в базы данных белковых структур и последовательностей. Экспериментальный анализ становится даже еще более важным в свете недавних результатов, показывающих, что скорость обнаружения новых белковых семейств является практически постоянной (Yooseph et al. 2007) и мы, таким образом, далеки от возможности составить разумное представление о размерах пространства разнообразных функций существующих на Земле белков (Raes et al. 2007).