Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Методы биоинформатики для изучения структуры и функций неупорядоченных белков
Предсказание неупорядоченности

На основании указанных особенностей состава было разработано около 25 методов предсказания неупорядоченности (см. таблицу 5.1 (Ferron et al. 2006; Dosztanyi et al. 2007)). Лучшие методы предсказания по точности приближаются к лучшим алгоритмам предсказания вторичной структуры, а принципы сравнения их производительности уже были изложены.

Таблица 5.1. Программы предсказания неупорядоченности. В таблице перечислены наиболее часто используемые программы, их URL и принципы, на которых они основаны. Подробное описание таких программ можно найти в тексте и ссылках (Ferron et al. 2006; Dosztanyi et al. 2007)

Название

URL

Принцип действия

PONDR VSL2

http://www.ist.temple.edu/disprot/predictorVSL2.php

Метод опорных векторов с нелинейным ядром

DISOPRED2

http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/disopred

Метод опорных веторов, нейронные сети для сглаживания

IUPred

http://iupred.enzim.hu

Оценочная энергия парных взаимодействий

DisEMBL

http://dis.embl.de

Нейронная сеть

GlobPlot

http://globplot.embl.de

Предпочтение аминокислотных остатков образовывать те или иные типы вторичной структуры

FoldUnfold

http://skuld.protres.ru/~mlobanov/ogu/ogu.cgi

Предпочтение аминокислотных остатков

Foldlndex

http://bip.weizmann.ас.іl/fldbin/findex

Предпочтение аминокислотных остатков

NORSp

http://cubic.bioc.columbia.edu/services/NORSp

Предпочтение типов вторичной структуры

PreLink

http://genomics.eu.org/spip/PreLink

Предпочтение аминокислотных остатков + анализ гидрофобных кластеров