Основы биоинформатики - Огурцов А.Н. 2013

Методы биоинформационного анализа
Филогенетический анализ
Инструменты филогенетического анализа

Универсальными средствами, предназначенными для филогенетического анализа являются PAUP и PHYLIP.

Программа филогенетического анализа PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony — филогенетический анализ по критерию экономичности) вобрала в себя столько различных функций (в том числе графическое отображение деревьев), сколько может предложить отдельно взятая независимая от платформы программа с интерфейсом типа меню

http://paup.csit.fsu.edu/.

Программный пакет PHYLIP (PHYLogeny Inference Package - программный пакет для филогенетического анализа) состоит приблизительно из 30 программ, которые решают большую часть задач филогенетического анализа

http://evolution.genctics.washington.edu/phylip.html.

Это программное обеспечение с интерфейсом типа командной строки не поддерживает мышь и предусматривает прямой набор команд.

База данных PALI (Phylogeny and ALIgnment of homologous protein structures — филогения и выравнивание структур гомологичных белков) содержит выравнивания последовательностей, построенные на основании пространственных структур, и построенные на базе структур филогенетические деревья гомологичных доменов белков, принадлежащих к белковым семействам

http://pali.mbu.iisc.emct.in/index.html.

Филогенетические отношения представлены с помощью древовидных диаграмм двух типов (основанных на последовательностях):

1) диаграмма, которая построена на метрике структурного несходства, определённой для попарного выравнивания;

2) диаграмма (основанная на структурах), которая построена по данным подобия топологически эквивалентных остатков.

База данных SUPFAM содержит потенциальные отношения членов надсемейств, выведенные путём сравнения семейств, сгруппированных по структурам, и семейств, сгруппированных по последовательностям

http://supfam.mbu.iisc.ernet.in/index.html.

К полуавтоматическим базам данных относится база данных PASS2 (Protein Alignment organized as Structural Superfamilies - выравнивание белков, организованное в надсемейства структур)

http://caps.nebs.res.in/pass2/.

Контрольные вопросы и задания

1. Что означает гомология?

2. Чем гомология отличается от подобия?

3. Какие гены называются ортологами?

4. Какие гомологичные последовательности называются паралогичными?

5. Что называется филогенетической схемой?

6. Что такое филогения?

7. Что такое фенетика?

8. Что такое кладистика?

9. Что называется кластеризацией?

10. Что называется кладом?

11. В чём суть кладистического метода наибольшей экономии?

12. В чём суть кладистического метода наибольшего правдоподобия?

13. Как переменная скорость эволюции влияет на результаты филогенетического анализа?