Молекулярная биология. Практическое руководство - Великов В.А. 2013

Электрофорез белков
Приготовление растворов и заливка ПААГ

Гель-электрофорез - один из стандартных молекулярно-биологических методов анализа. Молекулы белка в растворе обладают зарядом при любом значении pH, отличном от их изоэлектрической точки. Это обуславливает их подвижность в электрическом поле. Разделяют белки в полиакриламидных гелях (ПААГ), имеющих по сравнению с агарозными гелями меньший размер пор. Гель образуется в результате полимеризации мономерных молекул акриламида в присутствии NN’-метилен-бис-акриламида, формирующего поперечные сшивки. Варьированием концентрации мономеров можно добиваться получения пор различного размера. ПАА-гели плотнее агарозных, устойчивы к кипячению в воде, пластичные и менее ломкие.

ПААГ состоит из зон концентрирующего и разрешающего геля. Концентрация акриламида в разрешающем геле зависит от размеров белка - для крупных белков используют гели с низкой концентрацией, начиная от 5% и выше, менее крупные белки разделяют в мелкопористых гелях, содержащих до 20-25% акриламида. Заливка геля и электрофоретическое разделение белков в пластине геля происходит в вертикальном положении.

Разработано большое количество модификаций метода электрофореза белков в ПААГ для решения различных задач и для разных белков и пептидов. Наиболее распространённой разновидностью является электрофорез белков в денатурирующих условиях в присутствии додецилсульфата натрия (хаотропный агент, ПАВ) по Лэммли (Laemmli, 1970). Далее приведена одна из модификаций этого метода.

Подготовка к электрофорезу белков по сравнению с электрофорезом ДНК занимает больше времени. Полиакриламидный гель обычно готовят заранее, используя для этого стоковые растворы.

Концентрирующий гель обычно имеет концентрацию полиакриаламида от 2 до 8% и значение pH 6,8. Разделяющий гель имеет концентрацию полиакриламида от 5 до 20% и pH в районе 8,5-8,9. Выбор плотности геля зависит от молекулярных масс исследуемых белков. В качестве электродного буфера чаще всего используют Tris-глициновый или Tris-боратный буфер с водородным показателем среды pH 8-9.

Материалы и оборудование

Аппарат для вертикального электрофореза, источник постоянного тока, стеклянные пластины с вырезом и без выреза, гребёнка, спейсеры, шприц для нанесения образцов, реактивы для приготовления ПААГ и буферов.

Растворы

1.Электродный буфер (200 мл)

Tris-OH (трис(гидроксиметил)аминометан)

Глицин SDS

Н2О (бидистиллированная, деионизированная, здесь и далее) pH 8,4, p-р глицина титруют до нужного знач. pH сухим Tris; SDS добавлять последним, после доведения pH

3,03 г

14,44 г

1,0 г

до 200 мл

2.Раствор АА /бисАА АА (акриламид)

бисАА (N,N’ -метилен-бис-акриламид)

Н2О

30,0 г

0,8 г

до 100 мл

3 Буфер 1 (для концентрирующего геля)

Tris-HCl (трис-гидрохлорид)

SDS

Н2О

pH 6,8, титровать 4-6 н HCl, перед добавлением SDS

6,06 г

0,4 г

до 100 мл

4 Буфер 2 (нижний буфер для разделяющего геля)

Tris-OH (трис(гидроксиметил)аминометан)

SDS

Н2О

pH 8,8, титровать до нужного значения HCl, перед SDS

18,17 г

0,4 г

до 100 мл

5 БФС (бромфеноловый синий)

Н2О

2 мг

до 4 мл

6. Краситель (0,125% кумасси R-250)

Coomassie Briiliant Blue R-250 (у G-250 разрешение меньше) Этанол

Уксусная к-та (10%)

Н2О

1,25 мг

5 мл

1 мл

до 10 мл

7. Отмывающий раствор I (50% этанол, 10% уксус. к-та) Уксусная к-та (10%)

Этанол (50%)

Н2О

Перед использованием развести в 5 раз

10 мл

50 мл

до 100 мл

8. Отмывающий раствор II (5% этанол, 10% уксусная к-та)

Уксусная к-та (10%)

Этанол (50%)

Н2О

Перед использованием развести в 5 раз

35 мл

25 мл

до 100 мл

2х буфер для образцов Глицерин 15%

7,5 мл

ß-меркаптоэтанол

2,5 мл

SDS

1,15 г

Tris-HCl (трис-гидрохлорид)

0,38 г

Н2О, pH 6,8

до 25 мл

- 10% ТХУ,

- 5% ПСА (персульфат аммония),

- ТЕМЕД (N,N,N,N,-тетраметилэтилендиамин).


Методика

Подготовка стёкол для заливки полиакриламидного геля

1. Взять стекло с вырезом и поместить по его боковым краям два спейсера.

2. Сверху положить на спейсеры стекло без выреза. Осторожно поставить собранную конструкцию в камеру вертикально так, чтобы можно было залить гель в полость между стеклами. Стекло без выреза должно быть обращено наружу, к исследователю. Закрепить конструкцию зажимами.

3. Расплавить 3% агарозу, охладить до 50-60°С и залить тонким слоем (5 мм) дно электрофорезной ячейки во избежание протекания гелевого раствора.

Заливка геля

1. Для приготовления разделяющего геля смешать компоненты а (за исключением ТЕМЕД и ПСА) в соответствии с данными, приведёнными в табл. 3 (для разных объёмов!). Полученную смесь тщательно перемешать б.

Таблица 3. Подготовка разделяющего геля

Компонент

3%

6%

10%

20%

Р-р АА/бисАА

1 мл

3 мл

4,95 мл

13,34 мл

Буфер 2

2,5 мл

3,75 мл

3,75 мл

5 мл

Н2О

6,5 мл

8,25 мл

6,3 мл

1,66 мл

ТЕМЕД

10 мкл

15 мкл

15 мкл

40 мкл

ПСА 5%

30 мкл

45 мкл

45 мкл

120 мкл

V общий

10 мл

15 мл

15 мл

20 мл

2. Добавить последовательно ТЕМЕД и ПСА и тщательно перемешать полученный раствор, при этом важно, чтобы в процессе перемешивания не образовывались пузырьки с газом.

3. Полученный раствор разделяющего геля аккуратно залить между стеклянными пластинами так, чтобы уровень не превышал 3 см от верхнего края пластин.

4. Осторожно наслоить на раствор разделяющего геля тонкий слой метанола или деионизированной воды и оставить гель застывать (до 20 мин).

5. Приготовить раствор концентрирующего геля как указано в табл. 4.

6. Удалить слой метанола (!) или воды с поверхности застывшего разделяющего геля фильтровальной бумагой.

7. Наслоить на поверхность застывшего разделяющего геля раствор концентрирующего геля, и немедленно после этого вставить гребёнку между стеклянными пластинами.

Таблица 4. Подготовка концентрирующего геля

Компонент

6%

10%

Р-р АА/бисАА

2 мл

3,3 мл

Буфер 1

2,5 мл

2,5 мл

Н2О

5,5 мл

4,2

ТЕМЕД

20 мкл

10 мкл

ПСА 5%

60 мкл

30 мкл

V общий

10 мл

10 мл

8. Оставить гель застывать в течение 20 мин в. Удобно отлить немного из остатков гелевого раствора в 1,7 мл пробирку и использовать этот раствор как индикатор полимеризации.

Подготовка камеры к электрофорезу

1. Поставить электрофорезную камеру на ровную горизонтальную поверхность. Добавить электродный буфер в верхнюю ёмкость камеры так, чтобы уровень буфера был на 0,5 см выше уровня геля.

2. Добавить электродный буфер в нижний поддон камеры.

3. Осторожно удалить гребенку и промыть лунки электрофорезным буфером с помощью шприца или микропипетки.

Примечания

а Готовый стоковый раствор для геля нужной концентрации без ТЕМЕД и ПСА можно хранить в холодильнике около года. Акриламид токсичен, работать в перчатках!

б В 15% ПАА-гелях эффективно разделяются белки с диапазоном молекулярных масс 10-45 kDa, в 10% гелях - 14-205 kDa, в 7,5% - 24-205 kDa, в 5% - 36-205 kDa.

в Готовые гели можно хранить в холодильнике в обёрнутом виде, не вынимая гребёнки. Однако разделяющий и концентрирующий гели имеют разные буферы, поэтому лучше залитый гель использовать сразу.