Лингвистические детективы - Шанский Н.М. 2002

Внутри слова
Почему слово подлинный пишется с двумя н

Начиная с В. Даля прилагательное подлинный объясняется как слово, связанное в своем происхождении с существительными подлинник, длинник «батог»: на допросах, допытываясь правды, били батогами. Правду, добытую таким образом, называли подлинной, хотя, конечно, таковой она была далеко не всегда.

Если эта этимология является верной (а это пока единственное существующее объяснение происхождения слова подлинный), то вначале прилагательное подлинный появилось во фразеологическом обороте подлинная правда и лишь потом стало употребляться свободно.

Таким образом, два н пишутся в этом слове потому же, почему они пишутся в слове длинный.