Биохимия - Химические реакции в живой клетке Том 3 - Д. Мецлер 1980

Конструирование молекулярных моделей
Пространственные модели

В этих моделях радиусы атомов приближаются к вандерваальсовым радиусам (табл. 2-1, том 1, стр. 68). Практически не удается сделать модель с радиусами именно этой величины из-за слишком плотной упаковки, затрудняющей сборку. Компромиссное решение, позволяющее получить неплохие на вид молекулярные модели, состоит в том, что для изображения атомов С, Н, О и N используются пенопластовые шарики диаметром 3,8 см, а для атомов Р и S — диаметром 5,1 см. Если отрезать по 0,5 см от шариков, представляющих С, О и N, со стороны каждой связи, то остающиеся 1,4 см будут соответствовать примерно величине ковалентного радиуса 0,07 нм при масштабе 2 см = 0,1 нм (1 А). От шариков, изображающих атомы водорода, отрезают 1,3 см и таким образом получают необходимую величину ковалентного радиуса 0,03 нм. 1,9 см радиуса шариков соответствует 0,095 нм, т. е. примерно ²/₃ действительных вандерваальсовых радиусов С, N и О и 0,8 радиуса водорода. Удобно также использовать масштаб 1,25 см = 0,1 нм. Именно такой масштаб применен в имеющихся в продаже «СРК-моделях», разработанных American Society of Biological Chemists inc. Если использовать этот масштаб, то можно комбинировать самодельные и готовые модели. Для изображения атомов Н и С, берут шарики диаметром 2,54, а для О и N — 3,8 и 3,18 см соответственно.

Обрезать шарики при постройке пространственных моделей следует аккуратно, соблюдая величину ковалентного радиуса. Проще всего сделать так: центры участков, которые нужно срезать, сначала помечают, втыкая в шарик зубочистки. Если должен получиться тетраэдр, то соответствующие точки определяют с помощью картонной пластинки, как описано выше. Шарики обрезают, помещая их в отверстия, прорезанные в металлическом листе, причем диаметр этих отверстий должен быть таков, чтобы с другой стороны металлического листа выглядывала точно та по размеру часть шарика, которую следует отрезать. Эту выступающую часть шарика срезают очень острым ножом. Отверстия в металле, например в алюминии, нужно вырезать с большой точностью, но время, потраченное на изготовление такого шаблона, не пропадет, так как шаблон долговечен.

Большие плоские химические структуры типа нуклеотидных пар в ДНК можно вырезать из пенопластовых пластин.